En los últimos años, la obesidad infantil y la falta de actividad física ha aumentado hasta ser un gran problema de salud a nivel mundial. Desde el área de Educación Física se debe contribuir a aumentar los porcentajes de práctica de actividad física promoviendo diferentes metodologías y estrategias organizativas. Concretamente, el tipo de organización de la clase, puede influir en los niveles de Frecuencia Cardíaca Media e intensidad de las sesiones desarrolladas. Objetivos: Comprobar el efecto que el tipo de organización (circuito o hilera) pueda tener en la FC Media y la intensidad de las clases de Educación Física. Método: Diseño no experimental de tipo descriptivo- comparativo. Se registró la frecuencia cardiaca de 25 alumnos de 6o de Primaria (13 chicos y 12 chicas) de 11 y 12 años edad durante 6 sesiones (3 hileras y 3 circuito). Resultados: La intensidad de las clases en circuito fue significativamente superior (p≤ 0,05) al comparar con la organización en hileras (33,72± 14,80 % vs 25,74± 11,39% de clase en valores MVPA). Conclusiones: Las sesiones en las que la organización fue de tipo circuito obtuvieron mayores niveles de intensidad en % de MVPA y FC Media.